定性分析には様々なMS/MSスキャンタイプがありますが、最も広く用いられているのはプロダクトイオンスキャンです。これは、質量に基づいてプリカーサーイオンを選択し、それらを断片化し、生成されたプロダクトイオンを分析することを含みます。このプロセスでは、2段階の質量フィルタリングと、その間に挟まれたフラグメンテーションイベントより構成されます。プロダクトイオンの質量と質量差は、元の分子の構造や配列を決定するのに役立ち、フラグメンテーションに必要なエネルギーは、特定の化学結合の性質を明らかにします。
MS/MSが効果を発揮するためには、フラグメンテーションが解釈可能かつ再現可能でなければなりません。伝達されるエネルギーは「ちょうど良い」ものでなければなりません。つまり、親イオンを破壊することなく、診断に必要な生成プロダクトイオンを生成するのに十分なエネルギーである必要があります。適切なエネルギーを用いたとしても、フラグメンテーションが不十分な場合があり、スペクトルに欠落が生じたり、重要な診断イオンが欠落したりする可能性がある。重要な側鎖や修飾部分が切断されてしまい、それらの位置を示す痕跡が全く残らない可能性がある。
イオンをフラグメンテーションするために、光子、電子、原子、分子、固体表面など、さまざまなメカニズムが用いられてきました。最も一般的な手法は、原子、分子、または電子を用いてフラグメンテーションのためのエネルギーを与えるものです。










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