SWATH® Acquisition Performance Kit内のPepCalMixペプチドを調製するためには酢酸が必要です

研究用にのみ使用できます。診断目的での使用はできません。

問題の説明

5%酢酸の替わりに0.1%ギ酸で調製すると、高質量側のペプチドの多くが消失し、検出される残りのペプチドの強度も下がる可能性があります。下記の例では、PepCalMixに含まれる20種類のペプチドのいくつかが検出されず、検出されたぺプチドでも強度が非常に低く検出されています。特に保持時間16-18分のピークを見てください。

解決方法

Nano-LCまたはインフュージョン用にPepCalMixペプチドを調製する際には、5%酢酸を使用することが必須です。一般的に、最高純度の酢酸を推奨します（> 99.7-99.9 %）。また、水もHPLCグレードを推奨します（純度99.9%）。

PepCalMixサンプルを準備するには、次の2つの方法があります。：

A）インフュージョン注入：PepCalMixバイアルは、50μLの溶媒中に20種類の異なる安定同位体標識ペプチドをそれぞれ50pmol含みます。この原液は各ペプチド1pmol/μLを含みます。
1. 原液の新しいバイアルを開ける時は、原液（1pmol/μL）を5-10 μL容量に小分けにし、今後使用するために凍結します。
2. PepCalMix原液5μL（必要に応じてバイアルに取る）に、10%バッファーB（10%アセトニトリル：5%酢酸）95μLを加えます。
***注：酢酸は高質量側のペプチドの安定性に必須です。別の溶液に置き換えないでください。***
3. ボルテックスを使用し、溶液を最低30秒間混合します。
4. 遠心機を使いバイアルを回し、液体をバイアルの底に沈めてからバイアルを開けます。

B） Nano LC 注入：以下の手順に従い、SWATH^® Performance Kitに含まれるPepCalMix原液（1pmol/μL）を使用して調製してください。
1. 原液の新しいバイアルを開ける時は、原液（1pmol/μL）を5-10 μL容量に小分けにし、今後使用するために凍結します。
2.希釈バッファー（5%酢酸：2%アセトニトリル）99μLをバイアルに加え、更にPepCalMix原液1μLを加えて、10fmol/μL溶液とします。
***注：酢酸は高質量側のペプチドの安定性に必須です。別の溶液に置き換えないでください。***
3. ボルテックスを使用し、溶液を最低30秒間混合します。
4. 遠心機を使いバイアルを回し、液体をバイアルの底に沈めてからバイアルを開けます。
5. その溶液をオートサンプラーで使用するバイアルにピペットで移します。


SCIEXコミュニティのディスカッションを参照するには、下記サイトにアクセスしてください。
https://sciex.com/community/application-discussions/proteomics/swath/optimizing-swath-performance/troubleshooting-spread-of-peptide-elution-is-compressed