TripleTOF®システムによるペプチド分析における最適なコリジョンエネルギー（CE）

研究用にのみ使用できます。診断目的での使用はできません。

回答

ペプチド分析（タンパク質同定に用いるIDA測定およびSWATH^® acquisition）に必要なコリジョンエネルギー（CE）およびコリジョンエネルギースプレッド（CES）値は、Analyst^® TFソフトウェアに組み込まれているローリング CE（Rolling CE）機能を用いてデータ取得中に各ペプチドごとに最適化されます。CE値やCES値は、与えられた電荷におけるペプチドのフラグメンテーションパターンを決めます。

ローリングコリジョンエネルギー（Rolling Collision Energy）は、イオンの電荷に基づいて計算されます。未知の電荷に対して一般的に使用される方程式は、次の通りです：

CE= m/z x Slope + Intercept

以下の表は、電荷状態が判明しなかった場合を含め、CE値を決定するために必要な変数の値です。これらの値は、トリプシン消化ペプチドの膨大なサンプル群をTripleTOF^®システムで測定し導き出されています。そして最近、再検討されました。その結果サイエックスは、ペプチドサンプルにおけるIDAまたはSWATH Acquisitionによるデータ取得に、新し表の数値を使用することを推奨しています。

最適化試験の詳細については、このリンクをご参照ください。また、このリンクから「TripleTOF CE Curve.txt」をダウンロード頂けます：https://sciex.com/community/application-discussions/proteomics/swath/data-acquisition/crowdsourcing-optimized-rolling-collision-energy-curves-for-id-and-swath-acquisition.