TripleTOF®システムによるペプチド分析における最適なコリジョンエネルギー(CE)


日付: 05/31/2018
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ペプチド分析(タンパク質同定に用いるIDA測定およびSWATH® acquisition)に必要なコリジョンエネルギー(CE)およびコリジョンエネルギースプレッド(CES)値は、Analyst® TFソフトウェアに組み込まれているローリング CE(Rolling CE)機能を用いてデータ取得中に各ペプチドごとに最適化されます。CE値やCES値は、与えられた電荷におけるペプチドのフラグメンテーションパターンを決めます。

ローリングコリジョンエネルギー(Rolling Collision Energy)は、イオンの電荷に基づいて計算されます。未知の電荷に対して一般的に使用される方程式は、次の通りです:

CE= m/z x Slope + Intercept

以下の表は、電荷状態が判明しなかった場合を含め、CE値を決定するために必要な変数の値です。これらの値は、トリプシン消化ペプチドの膨大なサンプル群をTripleTOF®システムで測定し導き出されています。そして最近、再検討されました。その結果サイエックスは、ペプチドサンプルにおけるIDAまたはSWATH Acquisitionによるデータ取得に、新し表の数値を使用することを推奨しています。

最適化試験の詳細については、このリンクをご参照ください。また、このリンクから「TripleTOF CE Curve.txt」をダウンロード頂けます:https://sciex.com/community/application-discussions/proteomics/swath/data-acquisition/crowdsourcing-optimized-rolling-collision-energy-curves-for-id-and-swath-acquisition.
 
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