ProteinPilot™ 5.x ソフトウェア: .groupファイルに設定した装置と違う装置名が出力される場合


日付: 03/16/2018
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回答

ProteinPilot™ソフトウェアで出力される.groupファイルに間違った質量分析装置名が表示されることがあります。 TripleTOF®5600システムを選択したにも関わらず、.groupファイルのシステム情報にQSTAR®Eliteという名前が表示されている場合、誤った装置のトレランス設定が適用されている可能性があります。
回避策は次の通りです。:
TripleTOF 5600装置のパラメータをQSTAR Eliteパラメータセクションにコピーして、ParameterTranslationファイルを編集します。.groupファイルにはまだQSTAR Eliteと表示されますが、適切なトレランス設定が適用されます。TripleTOF 5600とQSTAR Eliteの両方のデータを積極的に検索しない限り、この変更によるリスクはありません。(その場合は、2つのParameterTranslationファイルを切り替えてご使用ください。)

下記ParameterTranslation ファイルのパラメータセクション:
<INSTRUMENT xml:id="INSTRUMENT:12" name="QSTAR Elite ESI" ionization="ESI" taglet_ef="EF_CURVE:1" fraglet_correction="1" quant_threshold_sn="5"> 
<AUTO_CALIBRATION ms="true" msms="true" msmstolsdratio="4" mstolsdratio="4" type="dalton" squareroot="true" /> 
<MSTOLERANCE VALUE="0.2" TYPE="dalton"/> 
<MSMSTOLERANCE VALUE="0.2" TYPE="dalton"/> 
<MS_STANDARD_DEVIATION VALUE="0.0076" TYPE="dalton"/> 
<MSMS_STANDARD_DEVIATION VALUE="0.015" TYPE="dalton"/> 
<DEFAULT_CHARGE_STATE charge="2"/> 
<DEFAULT_CHARGE_STATE charge="3"/> 
<DEFAULT_CHARGE_STATE charge="4"/> 
</INSTRUMENT> 
 
下記に変更:
<INSTRUMENT xml:id="INSTRUMENT:12" name="QSTAR Elite ESI" ionization="ESI" taglet_ef="EF_CURVE:1" fraglet_correction="1" quant_threshold_sn="5"> 
<AUTO_CALIBRATION ms="true" msms="true" msmstolsdratio="2.75" mstolsdratio="7" type="dalton" squareroot="true"/> 
<MSTOLERANCE VALUE="0.05" TYPE="dalton"/> 
<MSMSTOLERANCE VALUE="0.1" TYPE="dalton"/> 
<MS_STANDARD_DEVIATION VALUE="0.0011" TYPE="dalton"/> 
<MSMS_STANDARD_DEVIATION VALUE="0.01" TYPE="dalton"/> 
<DEFAULT_CHARGE_STATE charge="2"/> 
<DEFAULT_CHARGE_STATE charge="3"/> 
<DEFAULT_CHARGE_STATE charge="4"/> 
</INSTRUMENT> 
C:\Program Files\AB SCIEX\ProteinPilot\WorkflowDirectoryへ進み、既存のParameterTranslation.xmlをバックアップしてから、編集したファイルをコピーします。