ProteinPilot™ソフトウェアデータのPRIDE(PRoteomics IDEntifications)データベースへのエクスポート


日付: 11/09/2018
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研究用にのみ使用できます。診断目的での使用はできません。


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ProteinPilot™ソフトウェアのデータをPRoteomics IDEntifications PRIDEデータベースにエクスポートしようとしている場合、現時点ではPartial Submissionメカニズムが唯一のオプションです。最新のドキュメントやProteomeXchange (PX) submission toolへのアクセスは全て、www.proteomexchange.org/submissionにあります。

PRIDEデータベースにデータを送信するには、データを変換する必要があります。:

  • .groupファイルをXML ファイル形式に変換するには、ProteinPilot 4.xソフトウェアのデータの場合、C:\Program Files\AB SCIEX\ProteinPilotフォルダーにインストールされているgroup2xml(コマンドラインツール)を使用して変換することができます。ProteinPilot 5.xのデータの場合は、C:\Program Files\AB SCIEX\ProteinPilotフォルダーにあるGroupFileExtractor.exeを使用して変換することができます。
  • .wiffまたはTOF/TOFデータをmzMLに変換するには、AB SCIEX のData Converter(1.3b)を使用して変換することができます(https://sciex.com/software-support/software-downloads)。
データを変換したら、「PX Submission Tool」を開き、最初の画面で「Partial Submission」を選択します。

このツールは、3つのことを行います。: 
  1. 生データと結果ファイル(場合によってはその他)との間にリンクを作成します。
  2. 最小限のメタデータの提供をユーザーに要求します(完全にサポートされているSubmissionsでも利用可能なPXアナウンスに準拠するため)。
  3. FTPでファイルをEBI(European Bioinformatics Institute、www.ebi.ac.uk)に送信します。