ProteinPilot™ソフトウェアデータのPRIDE（PRoteomics IDEntifications）データベースへのエクスポート

研究用にのみ使用できます。診断目的での使用はできません。

回答

ProteinPilot™ソフトウェアのデータをPRoteomics IDEntifications PRIDEデータベースにエクスポートしようとしている場合、現時点ではPartial Submissionメカニズムが唯一のオプションです。最新のドキュメントやProteomeXchange (PX) submission toolへのアクセスは全て、www.proteomexchange.org/submissionにあります。

PRIDEデータベースにデータを送信するには、データを変換する必要があります。:

• .groupファイルをXML ファイル形式に変換するには、ProteinPilot 4.xソフトウェアのデータの場合、C:\Program Files\AB SCIEX\ProteinPilotフォルダーにインストールされているgroup2xml（コマンドラインツール）を使用して変換することができます。ProteinPilot 5.xのデータの場合は、C:\Program Files\AB SCIEX\ProteinPilotフォルダーにあるGroupFileExtractor.exeを使用して変換することができます。
• .wiffまたはTOF/TOFデータをmzMLに変換するには、AB SCIEX のData Converter（1.3b）を使用して変換することができます（https://sciex.com/software-support/software-downloads）。

1. 生データと結果ファイル（場合によってはその他）との間にリンクを作成します。
2. 最小限のメタデータの提供をユーザーに要求します（完全にサポートされているSubmissionsでも利用可能なPXアナウンスに準拠するため）。
3. FTPでファイルをEBI（European Bioinformatics Institute、www.ebi.ac.uk）に送信します。