BioPharmaView™ソフトウェアにおけるインタクトプロテインのTheoretical Average Massの計算


日付: 08/09/2019
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回答

タンパク質中のアミノ酸の平均同位体質量と水1分子の平均同位体質量を足して、タンパク質の分子量を計算することができます。分子量の値はダルトン(Da)で示します。 

しかし、他のソフトウェアパッケージと比較すると、僅かなTheoretical Average Mass(理論的平均質量)の差が生じることがあります。これは、平均MWを計算する際に、どの同位体を最もアバンダントな同位体として使用するかに依存します。 

同位体の存在量は場所によって異なるため、同位体組成の絶対値はありませんが、BioPharmaView™ソフトウェアは、NISTがオンラインで公開している同位体質量を使用しています。:https://physics.nist.gov/cgi-bin/Compositions/stand_alone.pl 

生じた結果は、SCIEXソフトウェア(例: PeakView™およびProteinPilot™ソフトウェア)で同じになります。  
SCIEXは、同位体組成値を現在公開されているNIST値に更新し、抗体のMWを1または2Daだけ変更しました。 
 

注意:公開されている存在量に関する詳細情報がNISTのウェブサイトに掲載されています。Subcommittee for Isotopic Abundance Measurements (SIAM)の見解では、これらの値は、実験室で最も一般的に遭遇する化学物質および/または材料の同位体組成を表しています。 そのため、それらは最もアバンダントな天然物質に対応しない場合があるようです。