Skylineはmultiple reaction monitoring（MRM）メソッドを作成し最適化する包括的なパッケージです。タンパク質とペプチドを過去の結果からSkylineに読み込んだり、Microsoft Excelやライブラリ データから貼り付けすることができます。その後、予測アルゴリズムを使用して、各ペプチドの最適な電荷数とフラグメントイオンがデータ取得メソッドのために選択されます。ユーザーはペプチド設定とトランジション設定を完全に制御でき、メソッド毎のトランジション数、標準またはScheduled MRMメソッドの指定、パラメータ最適化設定、すべてのクロマトグラフ設定を含むテンプレート メソッドの参照が可能です。

結果は豊富なグラフで表示され、データ取得時に信頼性を評価する強力なツールとなり、装置のオペレーターが問題を迅速に特定する手助けとなります。Skylineの詳細な画面では、有用な情報を10以上のグラフペインで同時に表示可能で、選択先を変更する際の画面更新時に目立つ遅れもありません。

図 1: QTRAP システムにより生成された MRM データ探索 ペプチドとトランジションは左側に表示されます。ペプチドとトランジションをナビゲーション画面でクリックすると対応するMRMランジションとMS/MSデータが表示されます。ペプチドとトランジションの横のドットはシグナル強度を示します。緑は強いイオンシグナルを示し、黄色はシグナル強度の減少を示しています。ドットがない場合は、そのペプチドトランジションが取得されなかったことを示します。

図 2: TripleTOFシステムで生成された高分解能MRM（MRM^HR）データの探索 各ペプチド毎にプリカーサーとフラグメントの高分解能抽出イオンクロマトグラム（XIC）が生成され表示されます。この場合、各ペプチドとフラグメントイオンのクロマトグラフの保持時間と強度は同じペプチドのその他のフラグメントイオンと一緒に表示され、問題フラグメント候補と一緒に最適フラグメントの同定を強調しています。