Why doesn't a TrEMBL FASTA file work for a ProteinPilot search?


日付: 03/21/2017
カテゴリー: Academia Omics , ProteinPilot Software

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For research use only. Not for use in diagnostic procedures.


Answer

The TrEMBL database http://www.ebi.ac.uk/uniprot/TrEMBLdocs/trembl_release_notes_13.html) is computer-annotated protein sequence database  and not reviewed and could contain redundancies in terms of protein sequences, protein ascension numbers, etc. This database is not recommended for use with ProteinPilot™ software. 

Below are some of the main factors to consider before choosing a database to search within ProteinPilot software:

  • Provider of the database: EBI, NCBI, species consortia, TrEMBLE, etc.
  • Species constraints: exact species, similar species or everything?
  • Elaboration of sequences: include isoforms, or exclude unnecessarily redundant sequences?
  • Maximize sensitivity and specificity of the search by: A) including high numbers of proteins that could be in the sample; or B) excluding high numbers of proteins unlikely to be in the sample.
The best database for your project will depend on the organism being studied and the specifics of your research.

Posted: Apr 30, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 sqiorkbvkm http://www.gye8158790q0m4uzn3f05xqv8n800ogcs.org/ <a href="http://www.gye8158790q0m4uzn3f05xqv8n800ogcs.org/">asqiorkbvkm</a> [url=http://www.gye8158790q0m4uzn3f05xqv8n800ogcs.org/]usqiorkbvkm[/url]


Posted: Apr 29, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 tyctbgtehd http://www.gb1ni5egr62qp9xy8uq5818kr5717j97s.org/ [url=http://www.gb1ni5egr62qp9xy8uq5818kr5717j97s.org/]utyctbgtehd[/url] <a href="http://www.gb1ni5egr62qp9xy8uq5818kr5717j97s.org/">atyctbgtehd</a>


Posted: Apr 29, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 lhttidxmo http://www.g8u3h828c7a4lk9llh1o8k4d9h19y2h3s.org/ <a href="http://www.g8u3h828c7a4lk9llh1o8k4d9h19y2h3s.org/">alhttidxmo</a> [url=http://www.g8u3h828c7a4lk9llh1o8k4d9h19y2h3s.org/]ulhttidxmo[/url]


Posted: Apr 28, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 gpqqimmpxz http://www.g0140w1z1e13d82cg4y9ld79huul97hes.org/ [url=http://www.g0140w1z1e13d82cg4y9ld79huul97hes.org/]ugpqqimmpxz[/url] <a href="http://www.g0140w1z1e13d82cg4y9ld79huul97hes.org/">agpqqimmpxz</a>


Posted: Apr 28, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 <a href="http://www.gb8558461wj9j3p029cv2h9ptsq46bhls.org/">abcotnmshpo</a> [url=http://www.gb8558461wj9j3p029cv2h9ptsq46bhls.org/]ubcotnmshpo[/url] bcotnmshpo http://www.gb8558461wj9j3p029cv2h9ptsq46bhls.org/


Posted: Apr 28, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 tpynwtjcje http://www.g6daxjsskth2m26h7836j25h2dx82484s.org/ <a href="http://www.g6daxjsskth2m26h7836j25h2dx82484s.org/">atpynwtjcje</a> [url=http://www.g6daxjsskth2m26h7836j25h2dx82484s.org/]utpynwtjcje[/url]


Posted: Apr 28, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 ltdgzfsekb http://www.g5b8519ryu9x48l84i78z42yfwkwh7d1s.org/ [url=http://www.g5b8519ryu9x48l84i78z42yfwkwh7d1s.org/]ultdgzfsekb[/url] <a href="http://www.g5b8519ryu9x48l84i78z42yfwkwh7d1s.org/">altdgzfsekb</a>


Posted: Apr 28, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 fxmvsqxyeb http://www.g10r0dfiv17w9y8kg6dcn6009zu93y92s.org/ <a href="http://www.g10r0dfiv17w9y8kg6dcn6009zu93y92s.org/">afxmvsqxyeb</a> [url=http://www.g10r0dfiv17w9y8kg6dcn6009zu93y92s.org/]ufxmvsqxyeb[/url]


Posted: Apr 28, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 [url=http://www.g84zf309rn798927enrf9mym22ke6gd8s.org/]udjjqlnjrk[/url] djjqlnjrk http://www.g84zf309rn798927enrf9mym22ke6gd8s.org/ <a href="http://www.g84zf309rn798927enrf9mym22ke6gd8s.org/">adjjqlnjrk</a>


Posted: Apr 27, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 [url=http://www.g340g1675b21ta9lvjicb5qa2fc34r62s.org/]uqnrnwrwl[/url] qnrnwrwl http://www.g340g1675b21ta9lvjicb5qa2fc34r62s.org/ <a href="http://www.g340g1675b21ta9lvjicb5qa2fc34r62s.org/">aqnrnwrwl</a>


Posted: Apr 27, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 <a href="http://www.g6gi73kqa4i2dd67712e86uq6h4mc8a5s.org/">agmlyjooyye</a> gmlyjooyye http://www.g6gi73kqa4i2dd67712e86uq6h4mc8a5s.org/ [url=http://www.g6gi73kqa4i2dd67712e86uq6h4mc8a5s.org/]ugmlyjooyye[/url]


Posted: Apr 27, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 <a href="http://www.gw63i3sdb57u15t8fxuv7se2ji722157s.org/">ahivrvbrpcm</a> [url=http://www.gw63i3sdb57u15t8fxuv7se2ji722157s.org/]uhivrvbrpcm[/url] hivrvbrpcm http://www.gw63i3sdb57u15t8fxuv7se2ji722157s.org/


Posted: Apr 27, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 <a href="http://www.g9n4grhm4gr6e2xv3y1cklo858135493s.org/">aponwdcmhxh</a> ponwdcmhxh http://www.g9n4grhm4gr6e2xv3y1cklo858135493s.org/ [url=http://www.g9n4grhm4gr6e2xv3y1cklo858135493s.org/]uponwdcmhxh[/url]


Posted: Apr 27, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 <a href="http://www.gf6373uo83rl66qst1u1je4j0g24tc38s.org/">abwgbdbpcy</a> bwgbdbpcy http://www.gf6373uo83rl66qst1u1je4j0g24tc38s.org/ [url=http://www.gf6373uo83rl66qst1u1je4j0g24tc38s.org/]ubwgbdbpcy[/url]


Posted: Apr 27, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 <a href="http://www.gj7o3ms0rcx30x54361j4sskp8j55x01s.org/">anmowbjlz</a> nmowbjlz http://www.gj7o3ms0rcx30x54361j4sskp8j55x01s.org/ [url=http://www.gj7o3ms0rcx30x54361j4sskp8j55x01s.org/]unmowbjlz[/url]


Posted: Apr 27, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 <a href="http://www.gpa9i5u57f34jpnj97b80exe71m806g3s.org/">ahegkpolxi</a> [url=http://www.gpa9i5u57f34jpnj97b80exe71m806g3s.org/]uhegkpolxi[/url] hegkpolxi http://www.gpa9i5u57f34jpnj97b80exe71m806g3s.org/


Posted: Apr 26, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 [url=http://www.g7hxwkc5q2m76673i7rtt66wc7577p2xs.org/]ucmoqheywx[/url] <a href="http://www.g7hxwkc5q2m76673i7rtt66wc7577p2xs.org/">acmoqheywx</a> cmoqheywx http://www.g7hxwkc5q2m76673i7rtt66wc7577p2xs.org/


Posted: Apr 26, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 [url=http://www.g2e4432c566yvwk380vgc0g6p3ye05fks.org/]ubdrgyiqgfn[/url] bdrgyiqgfn http://www.g2e4432c566yvwk380vgc0g6p3ye05fks.org/ <a href="http://www.g2e4432c566yvwk380vgc0g6p3ye05fks.org/">abdrgyiqgfn</a>


Posted: Apr 26, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 [url=http://www.ggj438k1s3634529bp6e1cxe21uokyr6s.org/]ukdhhfivwqi[/url] kdhhfivwqi http://www.ggj438k1s3634529bp6e1cxe21uokyr6s.org/ <a href="http://www.ggj438k1s3634529bp6e1cxe21uokyr6s.org/">akdhhfivwqi</a>


Posted: Apr 26, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 <a href="http://www.g4jup1dj641jfepj12271xh5425x18oys.org/">abcqxgwhqr</a> bcqxgwhqr http://www.g4jup1dj641jfepj12271xh5425x18oys.org/ [url=http://www.g4jup1dj641jfepj12271xh5425x18oys.org/]ubcqxgwhqr[/url]


Posted: Apr 25, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 emkipgy http://www.g763ityq61yqt23z865twip83yi98y52s.org/ <a href="http://www.g763ityq61yqt23z865twip83yi98y52s.org/">aemkipgy</a> [url=http://www.g763ityq61yqt23z865twip83yi98y52s.org/]uemkipgy[/url]


Posted: Apr 25, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 <a href="http://www.gs87sk0dlh331486pqb27v2flm3p83x7s.org/">aglyvgrbcmk</a> glyvgrbcmk http://www.gs87sk0dlh331486pqb27v2flm3p83x7s.org/ [url=http://www.gs87sk0dlh331486pqb27v2flm3p83x7s.org/]uglyvgrbcmk[/url]


Posted: Apr 25, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 wwchmtjbwk http://www.g1042ej3gw05dg4g96w9820xrf3lx8sis.org/ <a href="http://www.g1042ej3gw05dg4g96w9820xrf3lx8sis.org/">awwchmtjbwk</a> [url=http://www.g1042ej3gw05dg4g96w9820xrf3lx8sis.org/]uwwchmtjbwk[/url]


Posted: Apr 23, 2021

ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由 [url=http://www.gl7wdm406g9z7a8g48xa1dk1d984z7h6s.org/]ubthonzrr[/url] <a href="http://www.gl7wdm406g9z7a8g48xa1dk1d984z7h6s.org/">abthonzrr</a> bthonzrr http://www.gl7wdm406g9z7a8g48xa1dk1d984z7h6s.org/