ProteinPilot 検索でTrEMBL FASTA ファイルの使用を推奨しない理由｜質量分析計・LC-MS/MSシステムのSCIEX

研究用にのみ使用できます。診断目的での使用はできません。

回答

TrEMBLデータベースhttp://www.ebi.ac.uk/uniprot/TrEMBLdocs/trembl_release_notes_13.html)は、コンピューターアノテーション付きのタンパク質配列データベースであり、レビューされておらず、タンパク質配列、タンパク質アクセッションナンバーなどに関して冗長性を含む可能性があります。その為、このデータベースをProteinPilot™ソフトウェアで使用することはお勧めできません。

以下は、ProteinPilotソフトウェアで検索するデータベースを選択する時に、考慮すべき主な要素の例です。：

• データベース提供元：EBI、NCBI、Species Consortia、TrEMBLEなど
• 種の制約:正確な種、類似の種、あるいはすべて？
• 配列の選別:アイソフォームを含めるか、不必要に重複した配列を除外するか？
• 次の方法で検索の感度と特異性を最大化します。：A）サンプルに含まれる可能性のある多数のタンパク質を含む。 またはB）サンプルに含まれている可能性が低い多数のタンパク質を除外する。