iTRAQ RatioをレポートするためのMass Tolerance値やThreshold値はParameter Translationファイルに設定されています。


日付: 10/07/2016
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プレーンテキストエディターを使用してParameterTranslation.xmlファイルを開きます(メモ帳が最も安全です) – このファイルをワードやその他のリッチテキストエディターで編集しないでください。

Mass Tolerance(マストレランス)

  1. メニューからEdit > Find へ進み、「MSTOLERANCE VALUE」と入力します。

これでキーが見つかります。

<MSTOLERANCE VALUE=”X.X” TYPE=”dalton”/>

データ取得している装置について記載されているキーを見てください。

  1. T値(X.X)は、MS のRecalibrationなしの検索およびMS のRecalibrationの基となる最初の高速検索時に、プリカーサーイオンのm/z(観測値と理論値)と照合するためのm/zのトレランス(許容誤差)です。
  2. MSMSTOLERANCE VALUEキーは同様ですが、MSMSのスキャンに適用されます。

Standard Deviation(標準偏差)

装置タイプに応じて適切にキャリブレーションされたデータに対し、予想されるプリカーサーイオンのデルタm / z誤差の標準偏差です。 Recalibration後、プリカーサーイオンのm / z(実測値と理論値)と照合させるm / zトレランスは、「mstolratio」と「MS_STANDARD_DEVIATION VALUE」を掛けて求めます。 プリカーサーのデータに対するRecalibrationがオフ(ms=”false”)の場合、この要素は使用されません。ラボで取得したデータの品質のため「MS_STANDARD_DEVIATION VALUE」値を最適化するのに、PSPEP FDR(False Discovery Rate)解析を使用することができます。 上記のプロセスで、正しい装置タイプのキーを検索し、変更することが可能です。

Threshold(しきい値)のレポート

iTRAQ® RatioをレポートするためのSignal-to-Noise (S/N)のThreshold(しきい値)です。 いずれのRatioでも、分子のS/Nと分母のS/Nの合計がこのThreshold値を下回ると、Ratioはレポートされません(Peptide Quantitationテーブルの対応するセルが空白になります)。S/Nは、ピーク面積をピーク面積誤差で割ったものです。このS/N値は「quant_threshold_sn =”x”」キーの値によってコントロールされます(ご使用の装置タイプに対応)。

Posted: Apr 27, 2021

iTRAQ RatioをレポートするためのMass Tolerance値やThreshold値はParameter Translationファイルに設定されています。 tqprixwts http://www.ge56l5rdt3nze11bm1688f978r477ymcs.org/ <a href="http://www.ge56l5rdt3nze11bm1688f978r477ymcs.org/">atqprixwts</a> [url=http://www.ge56l5rdt3nze11bm1688f978r477ymcs.org/]utqprixwts[/url]


Posted: Apr 26, 2021

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Posted: Apr 26, 2021

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Posted: Apr 25, 2021

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