日付: | 10/06/2016 |
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プレーンテキストエディターを使用してParameterTranslation.xmlファイルを開きます(メモ帳が最も安全です) – このファイルをワードやその他のリッチテキストエディターで編集しないでください。
Mass Tolerance(マストレランス)
これでキーが見つかります。
<MSTOLERANCE VALUE=”X.X” TYPE=”dalton”/>
データ取得している装置について記載されているキーを見てください。
Standard Deviation(標準偏差)
装置タイプに応じて適切にキャリブレーションされたデータに対し、予想されるプリカーサーイオンのデルタm / z誤差の標準偏差です。 Recalibration後、プリカーサーイオンのm / z(実測値と理論値)と照合させるm / zトレランスは、「mstolratio」と「MS_STANDARD_DEVIATION VALUE」を掛けて求めます。 プリカーサーのデータに対するRecalibrationがオフ(ms=”false”)の場合、この要素は使用されません。ラボで取得したデータの品質のため「MS_STANDARD_DEVIATION VALUE」値を最適化するのに、PSPEP FDR(False Discovery Rate)解析を使用することができます。 上記のプロセスで、正しい装置タイプのキーを検索し、変更することが可能です。
Threshold(しきい値)のレポート
iTRAQ® RatioをレポートするためのSignal-to-Noise (S/N)のThreshold(しきい値)です。 いずれのRatioでも、分子のS/Nと分母のS/Nの合計がこのThreshold値を下回ると、Ratioはレポートされません(Peptide Quantitationテーブルの対応するセルが空白になります)。S/Nは、ピーク面積をピーク面積誤差で割ったものです。このS/N値は「quant_threshold_sn =”x”」キーの値によってコントロールされます(ご使用の装置タイプに対応)。
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