iTRAQ RatioをレポートするためのMass Tolerance値やThreshold値はParameter Translationファイルに設定されています。

回答

プレーンテキストエディターを使用してParameterTranslation.xmlファイルを開きます（メモ帳が最も安全です） – このファイルをワードやその他のリッチテキストエディターで編集しないでください。

Mass Tolerance（マストレランス）

1. メニューからEdit > Find へ進み、「MSTOLERANCE VALUE」と入力します。

これでキーが見つかります。

<MSTOLERANCE VALUE=”X.X” TYPE=”dalton”/>

データ取得している装置について記載されているキーを見てください。

2. T値(X.X)は、MS のRecalibrationなしの検索およびMS のRecalibrationの基となる最初の高速検索時に、プリカーサーイオンのm/z（観測値と理論値）と照合するためのm/zのトレランス（許容誤差）です。
3. MSMSTOLERANCE VALUEキーは同様ですが、MSMSのスキャンに適用されます。

Standard Deviation（標準偏差）

装置タイプに応じて適切にキャリブレーションされたデータに対し、予想されるプリカーサーイオンのデルタm / z誤差の標準偏差です。 Recalibration後、プリカーサーイオンのm / z（実測値と理論値）と照合させるm / zトレランスは、「mstolratio」と「MS_STANDARD_DEVIATION VALUE」を掛けて求めます。 プリカーサーのデータに対するRecalibrationがオフ（ms=”false”）の場合、この要素は使用されません。ラボで取得したデータの品質のため「MS_STANDARD_DEVIATION VALUE」値を最適化するのに、PSPEP FDR(False Discovery Rate)解析を使用することができます。 上記のプロセスで、正しい装置タイプのキーを検索し、変更することが可能です。

Threshold（しきい値）のレポート

iTRAQ^® RatioをレポートするためのSignal-to-Noise (S/N)のThreshold（しきい値）です。 いずれのRatioでも、分子のS/Nと分母のS/Nの合計がこのThreshold値を下回ると、Ratioはレポートされません（Peptide Quantitationテーブルの対応するセルが空白になります）。S/Nは、ピーク面積をピーク面積誤差で割ったものです。このS/N値は「quant_threshold_sn =”x”」キーの値によってコントロールされます（ご使用の装置タイプに対応）。