DNAシークエンシング

他のシステムでうまく読めない領域でのシークエンス

堅牢なテクノロジーを選択しませんか。
何が原因でシークエンスが失敗したのか調査は可能でも、多くの場合できることはあまりありません。問題の調査には混乱、ストレス、多くの時間を要するものです。最良のソリューションは研究室のパフォーマンスを向上する優れたテクノロジーを使用することです。将来を左右する先を読んだ方法です。

他のシステムでうまく読めない領域のシークエンス
GenomeLab™ GeXP 遺伝子解析システムは、リニアポリアクリルアミド(LPA)ゲル、コーティングキャピラリー、dITPケミストリー、dGTPケミストリーそしてシアニンベースの赤外線(に近い)色素などユニークなシークエンシング試薬とオンラインディネーチャーを特徴とします。これにより、修正の少ない、意味のある生データが得られ、最終解析は品質の高いものとなります。GenomeLab™ GeXP遺伝子解析システムにより他のシステムで上手く読めないような複雑なシークエンスを分離することが可能となり、高品質シークエンスとのギャップを埋めることができます。

この例では、ヒトゲノム配列で読み取りが難しい領域について、GenomeLab GeXPシリーズと他社システムとの比較をおこないました。他のシステムでは解決できなかった配列部分もGeXPシステムの革新的なケミストリーにより読み取ることができました。

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ゲノムのタンデムリピートはDye Terminator Cycle Sequencing(DTCS)により同定されます。

Dye Terminator Cycle Sequencing

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GenomeLab GeXPは完全に自動化された遺伝子解析システムであり、市販されているシークエンサーの中でも最高品質の解析パフォーマンスを提供します。システムは通常30分未満で200ヌクレオチド、50分未満で600ヌクレオチドの配列を決定し800以上の塩基を98%以上の精度で読み取ります。

GeXPはダイターミネーターサイクルシークエンシング法をこのプロセスで使用しています。サイクルシークエンシングはサーマルサイクラー内で変性、アニーリング、伸長のサイクルを繰り返しおこない、増幅産物を伸長します。これらのシークエンシングプロトコルは堅牢で、Single-temperature methodよりもテンプレートはずっと少なくなります。

ダイターミネーターラベリングでは、4つのジデオキシターミネーターがそれぞれ別の蛍光色素でタグ付けされます。鎖は伸長と蛍光色素のついた塩基の不可による伸長の停止が同時におこなわれます。この方法では未標識プライマーを使用し、すべての反応は同一チューブ内で実行されます。4色すべてが同一キャピラリー内分離・検出されます。誤った停止された鎖は色素で標識されていないため、検出できません。

自動ベースコーリング
GenomeLabシークエンス解析ソフトウェアは自動的にベースコーリングをおこない、シークエンスデータの質を評価できるよう信頼値を割り当てます。

シークエンス解析は信号処理、ベースコーリング、コールされた塩基の信頼性値の決定を含みます。色素間のスペクトルの重なりや移動度のバラつきを補正する必要はありません。2パスの塩基呼び出し側は最初に重要なピークを同定し、指定されたグラフtechnique1を採用し、呼び出された塩基配列を調整します。ベースコーリングは、最初に有意なピークを同定し続いて塩基配列を精査するという2段階でおこなわれます。最後に、呼び出された塩基のエラーの確率が推定され、信頼値が割り当てられます。

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自動化されたヘテロ接合体検出

ヘテロ接合体塩基の位置を同定することは突然変異または二倍体をもつ有機体の遺伝子多型を特定するのに非常に有用です。DNAシークエンシングは単一のヌクレオチド位置に複数の塩基が存在することに対する究極の確認です。

GenomeLabソフトウェアではユーザーはヘテロ接合体の自動検出をシークエンス解析パラメーターエディタで切り替えることができます。

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ヘテロ接合体は標準のIUB命名法を使用して自動的に検出され同定されます。これは配列データ内の遺伝子多型または突然変異を強調する迅速なメカニズムです。

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複数のヘテロ接合体はGenomeLab解析ソフトウェアを使用して自動的に同定されます。

自動トリミング
注意 - トリミング機能はユーザーが入力した一致するシークエンス情報(シークエンスを元にしたトリミング)または品質値(品質を元にしたトリミング)でトリミングを実行します。

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複数解析能力

  • 自動塩基呼び出しと各行8サンプル後のレポート生成
  • 塩基呼び出しアルゴリズムに対する編集可能なパラメーターセット
  • 選択されたDNAセグメントの音声再生
  • 品質スコアを元にしたトリミングで塩基呼び出し保証のために各シークエンス毎に生成される呼び出しスコアと品質値
  • サードパーティーデータ解析用のエクスポート機能(.scf、FASTA、PHRED、SEQ、タブ区切り)